Conference Abstract | Volume 8, Abstract ELIC2025147 (Oral 038) | Published: 18 Aug 2025
Yadouleton Anges1,2,3,&, Nouatin Odilon4, Kissira Islamiath3, Goundote Aimé5, Dansi Flocas3, Aho Glele Rodrigue5, Aniwanou Bernard5, Sohou Stéphane3, Bedie Sonia6, Saizonou Raoul6, Adewumi Praise3, Babio Rokiatou5, Nadine Fievet Nadine7, Christelle Butel7, Laetitia Serrano7, Nicole Vidal7, Guichet Emilande7, Massougbodji Achille4, Delaporte Eric7, Martine Peeters7, Benjamin Hounkpatin5
1Ecole Normale Supérieure de Natitingou ; Université Nationale des Sciences, Technologies, Ingénierie et Mathématiques (UNSTIM), Benin, 2Centre de Recherche Entomologique de Cotonou, Benin, 3Laboratoire des Fièvres Hémorragiques Virales et des Arbovirus du Bénin, 4Institut de Recherche Clinique du Bénin, 5Ministère de la Santé, République du Bénin, 6WHO, Benin, 7Unité Mixte Internationale TransVIHM, IRD Montpellier, France
&Corresponding author: Yadouleton Anges, Ecole Normale Supérieure de Natitingou ; Université Nationale des Sciences, Technologies, Ingénierie et Mathématiques (UNSTIM). Email: anges33@yahoo.fr
Received: 30 Mar 2025, Accepted: 09 Jul 2025, Published: 18 Aug 2025
Domain: Infectious Disease Epidemiology
Keywords: Souche, Lassa, Caractérisation, Bénin
©Yadouleton Anges et al. Journal of Interventional Epidemiology and Public Health (ISSN: 2664-2824). This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution International 4.0 License (https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
Cite this article: Yadouleton Anges et al., Le virus Lassa au Bénin: caractérisation génomique des isolats des cas positifs responsables de l’épidémie de 2023. Journal of Interventional Epidemiology and Public Health. 2025;8(ConfProc5):00038. https://doi.org/10.37432/jieph-confpro5-00038
Endémique dans certaines parties de l’Afrique de l’Ouest, la fièvre Lassa est une zoonose associée à une maladie hémorragique aiguë et causée par le virus Lassa avec plusieurs décès annuellement dans cette partie de l’Afrique. Contrairement aux épidémies des années antérieures qui apparaissent en saison sèche, le Bénin a connu en pleine saison pluvieuse (Août – septembre) de l’année 2023 plusieurs cas de fièvres hémorragiques à virus Lassa en milieu hospitalier dans les villes de Parakou et de Boko au Nord-Est du pays. Face une telle résurgence en pleinement saison pluvieuse, la présence étude s’est intéressée à la caractérisation génomique des isolats des cas positifs pour une meilleure compréhension épidémiologique de cette fièvre.
Les échantillons diagnostiqués positifs à partir du kit Altona 2. 0 au Laboratoire de Référence des Fièvres hémorragiques Virales du Bénin (LFHV) ont été conservés à -20 degrés pour le séquençage à l’Institut de Recherche Clinique du Bénin (IRCB). Les librairies étaient préparées sur la plate-forme Illumina (ISEQ100) et l’enrichissement viral s’est fait par sondes (comprehensive viral panel, Twist Bioscience) à l’IRCB et au LFHV. Un pipeline bioinformatique, GeVarLi, a été utilisé pour le contrôle de qualité, le filtre, l’alignement et l’assignation des virales. Les nouvelles séquences sont alignées avec les séquences de références humaines disponible dans la genbank pour les analyses phylogénétique (PhyML).
Sur un total de 30 cas suspects en provenance du Nord Bénin pendant la saison pluvieuse, 7 cas ont été diagnostiqués positifs et tous étaient de long (L) fragment du virus Lassa. Les résultats de séquençage révèlent des génomes complets pour le virus Lassa, et les analyses phylogénétiques montrent que ces génomes sont étroitement en lien avec les précédentes souches de lignée VII de Lassa isolées au Bénin
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